清港鎮(zhèn)地海港舊稱(chēng)“右港”，元代改稱(chēng)清港，有清港渡，明洪武十四年（1381）設(shè)清港里。

清光緒年間（1875-1908）設(shè)清港村，1934年改為清港鄉(xiāng)。

1936年改為清港鎮(zhèn)。

建國(guó)后沿用清港鎮(zhèn)名稱(chēng)。

1958年，屬楚門(mén)人民公社（大公社）下轄的一個(gè)管理區(qū)，1961年建立清港人民公社；1984年政社分設(shè)時(shí)，復(fù)置清港鎮(zhèn)；1991年3月，建立清港區(qū)；1992年5月“撤、擴(kuò)、并”時(shí)，原芳杜鄉(xiāng)、凡塘鄉(xiāng)和外塘鄉(xiāng)的上湫、下湫、袁家、后排4個(gè)行政村并入清港鎮(zhèn)。