益農(nóng)鎮(zhèn)東部大部分區(qū)域在20世紀50年代還是錢塘江口潮漲潮落的灘涂。

1956年2月被劃歸到蕭山；1958年為英雄公社一部分；1959年1月，英雄公社更名為黨山公社，至年末為黨山公社東灣、夾灶、塘北3個管理區(qū)；1961年為夾灶公社，屬義蓬區(qū)；1977年先后進行5次圍墾，并設(shè)立益農(nóng)圍墾指揮部，從1971年開始逐步有移民定居，從事農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，各公社也相繼成立移民大隊，為便于管理，1976年2月成立益農(nóng)公社籌建小組，1978年正式成立益農(nóng)公社；1984年5月，夾灶公社、益農(nóng)公社改為夾灶鄉(xiāng)、益農(nóng)鄉(xiāng)；1992年5月，夾灶、益農(nóng)2鄉(xiāng)合并為益農(nóng)鎮(zhèn)；2006年1月，將委托蕭山區(qū)農(nóng)業(yè)對外綜合開發(fā)辦管理的東臨錢塘江、東南界紹興縣、南接益農(nóng)鎮(zhèn)、西交第一農(nóng)墾場、北至外十三工段橫河，面積為26.4平方公里的區(qū)域劃歸益農(nóng)鎮(zhèn)，其行政區(qū)劃和名稱沿用至今。