解放初為卅六都鄉(xiāng)十二村，1956年為恩深農(nóng)業(yè)社，1958年為卅六都管理區(qū)恩深生產(chǎn)隊(duì)，1961年改妙里圳公社恩深大隊(duì)，1983年底改妙里圳鄉(xiāng)恩深村民委員會(huì)。

解放初為卅六都鄉(xiāng)十七村，1956年為妙里圳鄉(xiāng)前進(jìn)農(nóng)業(yè)社，1958年為妙里圳管理區(qū)前進(jìn)生產(chǎn)隊(duì)，1961年改妙里圳公社樟柏樹(shù)底大隊(duì)，1983年底改妙里圳鄉(xiāng)樟柏樹(shù)底村民委員會(huì)。

1986年6月屬新塘邊鎮(zhèn)。

2007年，經(jīng)江山市委研究決定，將恩深、樟柏樹(shù)底合并為恩深村。

新村辦公場(chǎng)所設(shè)在原恩深村辦公樓。