漠沙鎮(zhèn)在宋大理國時，為馬籠（龍）部地，隸屬威楚府（今楚雄）。

元朝，元憲宗時（公元1251-1259年）立為二千戶所，隸屬寧州（今華寧）萬戶府，后改二千戶所為馬龍、他郎（今新化）二甸，為馬龍甸地，改屬元江萬戶府；元至元十三年（公元1276年），以馬龍等甸管民官并于他郎甸（新化）置司，為司轄地，屬元江府。

明朝，明洪武初改為馬龍他郎甸長官司（司治仍于新化），為司轄地，直屬云南布政司；明洪治八年（公元1495年），廢馬龍他郎甸長官司，改置新化州，為州轄地，改屬臨安府（今建水）。

清朝，康熙四年（公元1665年），裁新化州入新平，為縣轄地，屬臨安府；乾隆三年（公元1738年），今黎明村瓦白果村民小組還設過世襲土千總，關圣村他旦村民小組（原址）設過土把總；清宣統(tǒng)元年（公元1909年）至民國二十一年（公元1932年），劃為南區(qū)。

民國二十二年至二十四年（公元1933-1935年）稱為第三區(qū)，民國二十五至三十七年（公元1936-1948年）改為漠沙鄉(xiāng)、振武鄉(xiāng)。

1949年9月，南區(qū)成立區(qū)鄉(xiāng)政府。

1950年11月，南區(qū)改為第四區(qū)，轄區(qū)未變。

1958年12月，四區(qū)劃為兩個人民公社。

1959年2月，第一第二人民社會合并為漠沙人民公社。

1960年9月，漠沙公社改為漠沙農(nóng)場。

1961年5月，農(nóng)場改為人民公社，管理區(qū)改為大隊，調整為兩個公社。

1962年，漠沙、曼蚌公社合并為第四區(qū)，大隊改稱小公社。

1968年5月，成立區(qū)革委會。

1970年3月，區(qū)改為人民公社革委會，小公社改為大隊革委會。

1983年冬至1984年初，區(qū)鄉(xiāng)體制改革后，改漠沙公社為漠沙區(qū)。

1987年，漠沙區(qū)改為漠沙鄉(xiāng)。

1996年9月，漠沙區(qū)改為漠沙鎮(zhèn)。