民國時期，屬老林鄉(xiāng)第六保。

1951年，建政改為老林鄉(xiāng)第六村。

1955年，改為老林鄉(xiāng)改革社。

1958年，改為老林公社十三管理區(qū)（人民公社化運動）。

1962年，改為雙林公社六大隊。

1967年，改為光華公社六大隊。

1972年，為雙林公社。

1981年，地名普查更名為雙林公社黑馬溝大隊（取消序數(shù)地名）。

1984年，更名為黑馬溝村（政社分設(shè)）。

1992年，撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)雙林鄉(xiāng)并入老林鎮(zhèn)，黑馬溝村不變。

1997年5月，恢復雙林鄉(xiāng)建制，黑馬溝村不變。

2019年，根據(jù)川府民政[2019]9號文件批準，劃歸老林鎮(zhèn)管轄。