解放前屬越溪鄉(xiāng)第5保。

1951年由第5保劃出石板屋基、四方碑組建水源村，隸屬永建鄉(xiāng)。

1958年置水源大隊，屬越溪管區(qū)。

1961年改屬永建鄉(xiāng)人民公社。

1968年屬永建公社。

1978年屬永建片。

1980年又屬永建公社。

1984年復名水源村，隸屬永建鄉(xiāng)。

1991年將新聯村的第1、4、5村民組劃入，名稱仍舊，改屬玉林鄉(xiāng)。

1992年屬越溪鎮(zhèn)，2020年村級建制調改革整越溪鎮(zhèn)黃桷村并入水源村，名稱仍舊，改越溪鎮(zhèn)水源村至今。