清雍正年間至建國初屬安樂鄉(xiāng)轄。

1958年并置為上游公社，村名三元大隊(duì)，屬上游公社轄。

1960年置安樂公社，村名三元大隊(duì)，屬安樂公社轄。

1961年10月安樂公社改名為木頭浩公社，村名三元大隊(duì)，屬木頭浩公社轄。

1978年將雙松、桐梓并入后仍為安樂公社，村名三元大隊(duì)，屬安樂公社轄。

1984年撤社設(shè)鄉(xiāng)，安樂公社改安樂鄉(xiāng)，村名三元村，屬安樂鄉(xiāng)轄。

1992年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，安樂鄉(xiāng)合并至現(xiàn)桐梓鎮(zhèn)，村名三元村，屬桐梓鎮(zhèn)轄至今。

2019年8月鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃調(diào)整撤銷桐梓鎮(zhèn)，將其所屬行政區(qū)域劃歸陽春鎮(zhèn)管轄，2019年11月村建制調(diào)整撤銷石崗沖村，以原三元村、原石崗沖村所轄范圍合并設(shè)立三元村，屬陽春鎮(zhèn)三元村轄至今。