1949年解放初屬一區(qū)新廟鄉(xiāng)。

1953年屬一區(qū)西窯溝鄉(xiāng)，稱南元行政村。

1956年撤區(qū)劃鄉(xiāng)，屬西窯溝鄉(xiāng)，并建立農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社，稱南元農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社。

1958年4月成立人民公社，屬西窯溝人民公社，和五里臺自然村，稱南元大隊(duì)。

1958年9月建立大人民公社，屬長城人民公社（駐地右玉城）仍稱大隊(duì)。

1958年左云、右玉兩縣合并，屬左云縣長城人民公社（駐地右玉城）南元大隊(duì)。

1961年分設(shè)右玉縣，屬右玉縣城關(guān)人民公社，稱大隊(duì)。

1984年9月建立城關(guān)鎮(zhèn)，同時(shí)成立南元村民委員會至今。

2001年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，隸屬右衛(wèi)鎮(zhèn)，仍稱南元村民委員會。