明、清屬壽陽西稱清平鄉(xiāng)、林六都，西一里。

清光緒年間（1875～1908年）設韓莊所、于家莊所、太安驛所、大北河所。

1918年改為區(qū)村制，屬西鄉(xiāng)三區(qū)。

抗日戰(zhàn)爭初，路北劃分為5個區(qū)，屬三區(qū)（南燕竹一帶）、四區(qū)（太安驛一帶）管轄。

1949年10月，壽陽縣調整為10個區(qū)，屬八區(qū)，1950年屬四區(qū)，1952年10月，區(qū)下設鄉(xiāng)，設頡家河、太安驛、南燕竹、韓莊、于家莊、中莊、王強鋪7鄉(xiāng)。

1955年區(qū)制撤銷，小鄉(xiāng)劃為大鄉(xiāng)，設南燕竹、趙巷頭、太安驛3鄉(xiāng)。

1958年10月，設立人民公社，1960年8個人民公社調整為12個人民公社，其中增設南燕竹人民公社，所在地為南燕竹村。

1984年改為南燕竹鎮(zhèn)。