1940年保德縣抗日民主政府在袁家莊成立，木瓜耳隸屬扒樓溝區(qū)；1949年屬扒樓溝三區(qū)，屬新畦行政村管轄；1952年隸屬張家溝行政村管轄；1954年成立村公所，隸屬土門鄉(xiāng)；1956年隸屬新畦鄉(xiāng)政府管轄；1959年屬扒樓溝人民公社管轄，為管理區(qū)；1960年隸屬化樹塔人民公社，為管理區(qū)；1962年為木瓜耳生產(chǎn)大隊，屬化樹塔公社；1984年社改鄉(xiāng)，設(shè)木瓜耳村民委員會，隸屬化樹塔鄉(xiāng)；2001年行政區(qū)劃變更，隨化樹塔鄉(xiāng)并入孫家溝鄉(xiāng)。