清嘉慶七年（1802年），設(shè)定遠(yuǎn)廳東鄉(xiāng)從政里偏溪河地。

民國三年（1914年），設(shè)鎮(zhèn)巴縣東區(qū)偏溪河村。

民國二十五年（1936年），設(shè)偏溪河聯(lián)保2、3保。

民國二十九年（1940年），設(shè)觀音鄉(xiāng)8保。

1950年，設(shè)觀音區(qū)巴廟鄉(xiāng)。

1958年12月，設(shè)巴廟管理區(qū)。

1961年，成立巴廟公社。

1966年12月，更名為光華公社。

1979年3月，仍復(fù)稱巴廟公社。

1984年5月，改設(shè)巴廟鄉(xiāng)。

1996年5月，將小河、廟溪、巴廟、吊鐘巖鄉(xiāng)合并設(shè)為巴廟鎮(zhèn)。