三星鎮(zhèn)始建于清咸豐七年（1857年），當時僅有兩家小店，取名黃貓妮鎮(zhèn)。

后隨北面灘涂不斷圍墾、人口漸增，改為三星鎮(zhèn)。

1949年6月2日崇明解放。

1950年春設區(qū)分鄉(xiāng)，三星地區(qū)（含海橋）成立三星區(qū)政府，下設6個鄉(xiāng)。

1952年8月農(nóng)業(yè)合作化開始，三星區(qū)劃為10個鄉(xiāng)。

1956年9月并區(qū)并鄉(xiāng)，三星區(qū)并入廟鎮(zhèn)。

1957年9月撤區(qū)并鄉(xiāng)成立高級農(nóng)業(yè)合作社，撤銷廟鎮(zhèn)區(qū)建立三星鄉(xiāng)、海橋鄉(xiāng)。

1958年9月人民公社化開始，成立三星人民公社和海橋人民公社，公社下面分設工區(qū)。

1958年12月崇明劃歸上海市管轄，同月三星、海橋合并組建新的三星人民公社，下設20個工區(qū)。

1959年5月又將剛組建的三星人民公社劃分為三星、海橋兩個公社。

公社以下設生產(chǎn)大隊，大隊以下設生產(chǎn)隊。

1984年2月政社分設，成立三星鄉(xiāng)、海橋鄉(xiāng)，保留三星、海橋人民公社，公社專管農(nóng)、工、副生產(chǎn)。

1987年3月?lián)Q屆后不設人民公社。

1995年2月三星鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，成立三星鎮(zhèn)人民政府。

2000年12月三星鎮(zhèn)與海橋鄉(xiāng)撤并成立新的三星鎮(zhèn)，名稱使用至今。