春秋屬魯?shù)兀瑧?zhàn)國屬齊國亢父縣，秦屬爰戚縣。

民國時期，金屯鎮(zhèn)大部分村莊屬濟寧縣轄，1948年劃歸嘉祥縣二區(qū)，區(qū)駐地在金屯村。

1958年成立先鋒人民公社，同年嘉祥縣撤銷，大部分村莊劃歸濟寧市，南部4個村劃歸金鄉(xiāng)縣羊山人民公社，西部四個村劃歸高峰人民公社。

1962年恢復(fù)嘉祥縣建制，始建金屯人民公社，1980年更名王固堆人民公社。

1984年農(nóng)村體制改革中更名為王固堆鄉(xiāng)，1999年7月撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)，更名為金屯鎮(zhèn)，并沿用至今。