金代以前，三莊境內(nèi)的行政區(qū)劃，無(wú)史料可考。

元代設(shè)巡檢司，明、清代屬觀蘭鄉(xiāng)，民國(guó)元年設(shè)立三莊區(qū)，建國(guó)后因之。

1958年1月撤區(qū)，建三莊鄉(xiāng)。

同年8月成立幸福人民公社。

1963年恢復(fù)三莊區(qū)，轄8處公社。

1971年3月分為三莊、豎旗山兩個(gè)人民公社。

1985年，改三莊人民公社為三莊鎮(zhèn)，轄36個(gè)行政村；改豎旗山人民公社為豎旗山鄉(xiāng)，轄26個(gè)行政村。

1992年12月7日國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)建立縣級(jí)行政區(qū)，同時(shí)建立東港區(qū)三莊鎮(zhèn)人民政府，轄36個(gè)行政村，4.4萬(wàn)人。

2000年12月將原豎旗山鄉(xiāng)劃為三莊鎮(zhèn)，至此三莊鎮(zhèn)轄62個(gè)行政村。