漢代時期，羌族在此居住，曾建立若羌國。

西晉時期，為吐谷渾屬地。

隋大業(yè)五年（609年），隸屬部善郡。

唐龍朔三年（663年）后，屬吐蕃國轄地。

宋代時期，為撒里畏兀兒屬地。

明朝正德七年（1512年）后，屬蒙古族諸部轄地。

清朝雍正三年（1725年），為青海蒙古族左翼盟和碩特部西右中旗（俗稱臺吉乃旗）雜斯陶海牧地。

民國三十五年（1946年），屬都蘭縣。

中華人民共和國建立后，隸屬茫崖工委、茫崖鎮(zhèn)。

1984年12月26日，設立花土溝鎮(zhèn)。

1985年3月1日，成立花土溝鎮(zhèn)。

2006年，將尕斯鄉(xiāng)并入花土溝鎮(zhèn)。