同仁歷史悠久，秦漢時(shí)期為羌族部落居牧地，魏時(shí)歸蜀漢，西晉時(shí)為吐谷渾轄地，東晉時(shí)隸屬于前秦河湟郡。

唐天寶十二年(753年)，屬澆家河郡轄地，保安鐵城山置振武軍、曲庫(kù)乎置曜武軍。

明洪武四年(1371年)立保安堡。

清稱乾隆時(shí)隸屬于新置的循化廳。

民國(guó)18年(1929年)，設(shè)同仁縣（藏語(yǔ)稱同仁地區(qū)為“熱貢”，意為極樂的金色谷地)，轄今同仁、澤庫(kù)二縣之地。

中華人民共和國(guó)成立后建制：1949年9月22日，同仁縣人民政府成立。

1951年12月析出同仁縣第五、第六、第七3個(gè)區(qū)置澤庫(kù)縣，同仁縣重新調(diào)整行政區(qū)域，建立新的第五、第六2個(gè)區(qū)。

1958年9月，根據(jù)中國(guó)共產(chǎn)黨中央《關(guān)于在農(nóng)村建立人民公社的決定》，同仁縣將全縣19個(gè)鄉(xiāng)、1個(gè)區(qū)撤并建成11個(gè)“政社合一”的人民公社。

1984年9月，根據(jù)中央《關(guān)于實(shí)行政社分開建立鄉(xiāng)人民政府的通知》，同仁縣將13個(gè)人民公社、1個(gè)鎮(zhèn)改建為13個(gè)鄉(xiāng)、1個(gè)鎮(zhèn)。

至2018年底，全縣共轄3個(gè)鎮(zhèn)9個(gè)鄉(xiāng)，分別是隆務(wù)鎮(zhèn)、保安鎮(zhèn)、多哇鎮(zhèn)、年都乎鄉(xiāng)、曲庫(kù)乎鄉(xiāng)、瓜什則鄉(xiāng)、加吾鄉(xiāng)、雙朋西鄉(xiāng)、蘭采鄉(xiāng)、扎毛鄉(xiāng)、黃乃亥鄉(xiāng)、牙浪鄉(xiāng)。

轄行政村72個(gè)、社區(qū)居委會(huì)10個(gè)、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社362個(gè)。

2020年7月1日因縣撤縣設(shè)市更名為同仁市，全市共轄3個(gè)鎮(zhèn)8個(gè)鄉(xiāng)，分別是隆務(wù)鎮(zhèn)、保安鎮(zhèn)、多哇鎮(zhèn)、年都乎鄉(xiāng)、曲庫(kù)乎鄉(xiāng)、瓜什則鄉(xiāng)、加吾鄉(xiāng)、雙朋西鄉(xiāng)、蘭采鄉(xiāng)、扎毛鄉(xiāng)、黃乃亥鄉(xiāng)。

轄行政村72個(gè)、社區(qū)居委會(huì)8個(gè)。

據(jù)歷史資料記載，在公元101年后黃河岸邊地區(qū)屯墾、開發(fā)生產(chǎn)糧食，早在明代就以務(wù)農(nóng)為本。

農(nóng)業(yè)生產(chǎn)已有相當(dāng)大的發(fā)展，有“花果蔬菜、鳥獸魚類不異中華”的記載。

北周建德五年（576）還曾在此設(shè)達(dá)化縣，后至1952年屬貴德管轄為康揚(yáng)三區(qū)，1953年黃南藏族自治州成立后劃歸黃南州管轄為尖扎縣，沿用至今。

古屬羌地。

西晉末為吐谷渾屬地。

隋大業(yè)五年(609)，屬赤水縣，隸河源郡。

唐龍朔三年(663)，入吐蕃。

宋初為吐蕃地方政權(quán)唃廝啰轄地。

元代屬吐蕃等處宣慰司。

明洪武六年(1373)，屬朵甘衛(wèi)積石州千戶和歸德守御千戶所轄。

洪武七年，屬朵甘行都指揮使司積石州千戶和歸德守御千戶所。

崇禎十年(1637)，為衛(wèi)拉特蒙古和碩特部顧實(shí)汗轄區(qū)。

清雍正三年(1725)，今縣西南部為和碩特南右中旗駐牧地，東北部主要為藏族部落駐牧地。

雍正四年，后藏族駐牧區(qū)由河州同知管轄。

乾隆二十七年(1762)，今縣東北部為循化廳地，隸蘭州府。

五十六年(1791)，改隸于欽差辦理青海蒙古番子事務(wù)大臣和循化廳。

1913年，屬西寧道循化縣。

1929年，屬青海省同仁縣地。

1940年，今同仁、澤庫(kù)兩縣的大部分地區(qū)，隸屬青海省第七督察專員公署。

1953年，由同仁縣析置澤庫(kù)縣，治溑乃亥，屬黃南藏族自治區(qū)。

1955年，屬黃南藏族自治州。

秦漢以前屬羌人牧地。

東漢景帝建發(fā)十九年（214），歸附漢朝。

東漢景帝建發(fā)十九年（214）歸附漢朝。

西晉時(shí)為吐谷渾轄地。

北周建德五年（576），地屬北周廓州總管府轄。

隋朝前期屬吐谷渾轄，后期屬西�？こ嗨�縣。

唐高宗始為吐蕃管轄。

唐天寶十二年（753），屬唐洮陽(yáng)郡。

五代十國(guó)時(shí)期為吐蕃、吐谷渾、黨項(xiàng)、羌等勢(shì)力各霸一方，無以統(tǒng)屬。

北宋時(shí)屬中原王朝。

南宋時(shí)屬金國(guó)。

元代為吐蕃等處宣慰司轄地，屬河州必里萬戶符。

明代為朵甘行都指揮使司轄地，萬歷后屬河州必里千戶符。

清代屬循化廳，為和碩特前首旗（俗稱河南親王）牧地。

民國(guó)初由“青海辦事長(zhǎng)官”及“蒙蕃宣慰使”管轄。

1935年，和碩特南左中旗劃同德縣，其余“河南三旗”由河南親王統(tǒng)領(lǐng)，隸省直轄。

1954年10月，設(shè)河南蒙古自治區(qū)（縣級(jí)）。

1955年6月，改稱河南蒙族自治縣，由省直轄。

1959年，由黃南自治州代管。

1964年，更名為河南蒙古族自治縣。