東漢建安四年（199）設立巴丘鎮(zhèn)，三國吳寶鼎二年（267）縣境重置巴丘縣，縣名巴丘縣，后避諱孔丘名，改名巴邱。

明嘉靖五年（1526）又設峽江縣，縣治巴邱。

中華人民共和國成立后，仍為縣治，設巴邱鎮(zhèn)。

1968年并入巴邱公社；1970年從巴邱公社分出，改名城鎮(zhèn)公社；1972年又并入巴邱公社，至1975年從巴邱公社分出，恢復巴邱鎮(zhèn)；經國務院批準，1997年7月1日峽江縣人民政府駐地由巴邱鎮(zhèn)搬遷至水邊鎮(zhèn)。

2001年12月巴邱鎮(zhèn)與巴邱鄉(xiāng)合并組成巴邱鎮(zhèn)，地名沿用至今。