港南村境在新中國建立初期分屬白宕鄉(xiāng)與碧溪鄉(xiāng)。

1958年屬碧溪人民公社第九、十一、十二、十九、二十大隊(duì)。

1980年第九大隊(duì)以境內(nèi)西周市東街，更名為東街大隊(duì)；第十一大隊(duì)以境內(nèi)白宕橋，更名為白宕大隊(duì)；第十二大隊(duì)以境內(nèi)殷家弄，更名為殷弄大隊(duì)；第十九大隊(duì)以境內(nèi)熊家涇，更名為熊家涇大隊(duì)；第二十大隊(duì)以境內(nèi)陳家壩，更名為陳家壩大隊(duì)。

1983年分別改為村。

1999年東街村并入熊家涇村，白宕村與殷弄村合并為港南村。

2003年港南村與熊家涇村、陳家壩村合并為港南村。