清朝康熙年間屬崖屋店村，清同治年間屬北鄉(xiāng)曲遠(yuǎn)保。

民國(guó)11年屬第四區(qū)，民國(guó)36年屬青曲鄉(xiāng)姜疙瘩保。

1948年為彌陀村。

1951年土改，為彌陀鄉(xiāng)。

1955年撤鄉(xiāng)建社，為英明農(nóng)業(yè)合作社，屬黌門區(qū)管轄。

1956年黌門區(qū)與大柳區(qū)合并為大堰區(qū)，英明農(nóng)業(yè)合作社屬大堰區(qū)管轄。

1958年人民公社化，為英明大隊(duì)，屬火箭人民公社管轄。

1961年撤社建區(qū)，英明大隊(duì)屬大堰區(qū)管轄。

1975年撤區(qū)并社，英明大隊(duì)屬青曲公社管轄。

1981年，更名為彌陀寺大隊(duì)，屬青曲公社管轄。

1984年撤社并區(qū)，大隊(duì)改村，更名為彌陀寺村，屬大堰區(qū)曲遠(yuǎn)河鄉(xiāng)管轄。

1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），彌陀寺村屬青曲鎮(zhèn)管轄至今。