明、清、民國屬孝感縣；1949年5月孝感解放，屬孝感縣三汊埠區(qū)管轄，1951年由三汊埠區(qū)分離成立祝家灣鎮(zhèn)，1952年為孝感縣第十八區(qū)，1953年改稱祝站區(qū)，1958年成立祝站人民公社，下轄9個管理區(qū)96個大隊。

1961年5月撤銷祝站人民公社，恢復祝站區(qū)。

1966年9月孝感縣改名東風縣，祝站區(qū)改名為向陽區(qū)，不久仍稱祝站區(qū)。

1975年撤區(qū)并社時設立祝站人民公社。

1983年12月孝感縣改縣建市，祝站區(qū)屬孝感市，下轄9個管理區(qū)改為鄉(xiāng)。

1987年9月撤區(qū)建鄉(xiāng)，祝站區(qū)一分為三：將原下轄三汊、埠鎮(zhèn)、諸趙、草店、涂店5鄉(xiāng)分出劃歸三汊鎮(zhèn)；將閔集、下新2鄉(xiāng)分出劃到閔集鄉(xiāng)；祝站鎮(zhèn)保留祝站、李畈、姜窯、土門4鄉(xiāng)成立祝站鎮(zhèn)。

1993年孝感地區(qū)撤地（孝感地區(qū)）建市（孝感市），原縣級孝感市分為孝南區(qū)和孝昌縣，祝站鎮(zhèn)隸屬孝感市孝南區(qū)；2018年3月20日，祝站鎮(zhèn)37個村、1個社區(qū)調整合并為14個村、2個社區(qū)，2019年9月3日，祝站、長河2個社區(qū)改置為村，沿用至今。