明末清初，萬福店鎮(zhèn)境域屬唐縣鎮(zhèn)州判分轄。

清乾隆年間，屬里堂。

民國期間，為萬福鄉(xiāng)。

中華人民共和國成立后，為萬福店小區(qū)；后更名為萬福店管理區(qū)，屬唐縣鎮(zhèn)。

1958年2月，時為襄陽專署各直屬單位、隨縣、丹江水利工程處、武漢軍區(qū)等單位下放的1027名千部到萬福店墾荒。

建場后經三次擴場，1964年3月，更名為湖北省國營萬福店農場。

1997年，移交隨州市管理。

2000年，下放曾都區(qū)管理。

2005年，設立曾都區(qū)萬福店辦事處，保留農場建制。

2007年，設立萬福店鎮(zhèn)。

2009年，由曾都區(qū)劃歸新設立的隨縣管轄。