明朝屬香溪鎮(zhèn),清朝屬香溪鄉(xiāng),民國時期屬香溪鄉(xiāng)六保(龍王嘴)、十一保(白沙頭、渡船口)、十二保(葉家河);1950年5月設(shè)置萬古村,屬香溪區(qū),1953年1月改稱萬古鄉(xiāng),屬第一區(qū)(香溪)。
1956年3月小鄉(xiāng)合并后建立光榮、星星、前進(jìn)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社,屬第一區(qū)(香溪)萬古鄉(xiāng);1958年11月人民公社化時設(shè)立光榮大隊、星星大隊、前進(jìn)大隊,屬香溪人民公社長春管理區(qū);1961年4月設(shè)區(qū)建社時屬香溪區(qū)長春人民公社,1975年10月撤區(qū)并社后屬三閭?cè)嗣窆玳L春管理區(qū);1981年3月,光榮大隊更名為萬古寺大隊,星星大隊更名為貫埡大隊,前進(jìn)大隊更名為黃陽畔大隊,屬三閭?cè)嗣窆玳L春管理區(qū);1984年2月撤社建鄉(xiāng)時,萬古寺大隊、貫埡大隊、黃陽畔大隊分別改設(shè)為萬古寺村、貫埡村、黃陽畔村,屬三閭區(qū)官莊坪鄉(xiāng),1985年10月改屬香溪區(qū)官莊坪鄉(xiāng),1987年9月鄉(xiāng)鎮(zhèn)合并后屬香溪鎮(zhèn);1999年3月,萬古寺村并入貫埡村;2001年11月,貫埡村、黃埡畔村合并為萬古寺村,屬歸州鎮(zhèn)至今。