原余店街道居委會：明嘉靖年間屬惠化鄉(xiāng)；清康熙年間屬惠化鄉(xiāng)；民國時期屬余界鄉(xiāng)；1949年5月為余店街，屬余店區(qū)；1953年為余店街工商聯(lián)，屬余店區(qū)；1958年成立人民公社，為余店街工商聯(lián)，屬七一人民公社；1959年為余店街工商聯(lián)，屬余店公社；1961年4月恢復(fù)區(qū)（鎮(zhèn)）建制，為余店工商聯(lián)，屬余店區(qū)合作公社；1975年2月撤區(qū)并社，為余店街，屬余店公社；1980年為余店街，屬余店公社合作管理區(qū)；1983年底設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，為余店街居委會，屬余店區(qū)西余店鎮(zhèn)；1988年為余店街居委會，屬余店鎮(zhèn)。

原菜園村：明嘉靖年間屬惠化鄉(xiāng)；清康熙年間屬惠化鄉(xiāng)；民國時期屬余界鄉(xiāng)；1949年屬余店區(qū)；1957年為余店2社，屬余店區(qū)合作鄉(xiāng)；1958年成立人民公社，為余店2大隊(duì)，屬七一人民公社合作管理區(qū)；1959年為余店2大隊(duì)，屬余店公社合作管理區(qū)；1961年恢復(fù)區(qū)（鎮(zhèn)）建制，為余店2大隊(duì)，屬余店區(qū)合作公社；1969年更名為菜園大隊(duì)，屬余店區(qū)合作公社；1975年為菜園大隊(duì)，屬余店公社；1980年為菜園大隊(duì)，屬余店公社合作管理區(qū)；1983年底設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，為菜園村，屬余店區(qū)西余店鎮(zhèn)；1987年9月撤區(qū)并鄉(xiāng)，為菜園村，屬余店鎮(zhèn)。

原徐園村：1983年從余店區(qū)西余店鎮(zhèn)墩子村分出，成立徐園村，屬余店區(qū)西余店鎮(zhèn)；1987年9月撤區(qū)并鄉(xiāng)，為徐園村，屬余店鎮(zhèn)。

2004年撤村并村，原余店街道居委會、菜園村、徐園村合并為余店村，屬余店鎮(zhèn)；2012年10月更名為余店社區(qū)，屬余店鎮(zhèn)至今。