1949年10月為巡店區(qū),1952年為第二區(qū),1956年3月為第三指導(dǎo)小組,1958年9月為幸福人民公社,同年底為巡店人民公社,1961年4月為巡店區(qū)。
1975年2月為巡店人民公社,轄夾河、巡店、辛榨、高店管理區(qū)。
1979年2月桑樹人民公社并入巡店人民公社。
1987年為巡店鎮(zhèn),分離辛榨、高店管理區(qū),設(shè)立辛榨鄉(xiāng);分離桑樹、洪山管理區(qū),設(shè)立桑樹鄉(xiāng)。
2001年4月桑樹鄉(xiāng)并入巡店鎮(zhèn),下轄33個(gè)行政村、1個(gè)社區(qū)及2個(gè)村級(jí)林場。