清宣統(tǒng)二年（1910），為接收山東省移民墾殖，建立啟元、元二、元三等諸屯（即今頭村、二村、三村等），屬臨江府管轄。

1914年隸屬同江縣。

1939年設(shè)立三村。

1946年6月，隸屬同江區(qū)。

1949年劃歸富錦縣管轄后，同年6月改隸第十區(qū)。

1956年5月，設(shè)置三村鄉(xiāng)。

1958年9月，成立三村人民公社。

1959年4月，劃歸撫遠(yuǎn)縣管轄。

1965年8月，又劃歸同江縣管轄。

1984年改稱三村鄉(xiāng)。

1997年5月，改設(shè)三村鎮(zhèn)。

名稱沿用至今。