順治八年(1651年)后，有散居農(nóng)戶，清中期已形成15個村落。

民國初期屬鎮(zhèn)撫鄉(xiāng)。

1933年1月設(shè)第三區(qū)馬蓮河保。

1939年改設(shè)馬蓮河村。

1945年11月屬第三自治區(qū)。

1947年5月屬鏡泊縣，設(shè)立第二區(qū)。

1948年8月屬寧安縣，改設(shè)第八區(qū)。

1956年5月改設(shè)馬河中心鄉(xiāng)，轄馬河、金坑、鹿道3個鄉(xiāng)。

1958年1月改設(shè)馬河鄉(xiāng)。

1958年9月并入東京城鎮(zhèn)人民公社。

1961年設(shè)立馬河人民公社。

1984年4月撤銷馬河人民公社，設(shè)立馬河鄉(xiāng)，名稱沿用至今。