清初，來此地的采金者將村落建在形似駱駝的山峰中，得名“駝腰子”，隸屬三姓副都統(tǒng)管轄。

清末民初，隸屬樺川縣久泰區(qū)。

1930年隸屬樺川縣第五區(qū)。

東北淪陷后，初隸永豐鎮(zhèn)保，后隸小石頭河村。

1946年6月劃歸新設(shè)置的樺南縣管轄，設(shè)駝腰子特別鄉(xiāng)。

1947年4月設(shè)駝腰子區(qū)。

1950年7月改為第六區(qū)。

1956年樺南縣并入樺川縣后，設(shè)駝腰子鄉(xiāng)。

1958年9月，改稱駝腰子人民公社。

1964年復(fù)歸樺南縣管轄。

1984年4月，改為駝腰子鄉(xiāng)。

1988年3月，改設(shè)駝腰子鎮(zhèn)，名稱沿用至今。