曾名“小石頭河子”、“石頭河子”。

清末民初，隸屬樺川縣管轄。

1941年稱小石頭河子村。

1946年6月劃歸新設置的樺南縣管轄，設置小石頭河子鄉(xiāng)（特別鄉(xiāng)）。

1947年4月廢止鄉(xiāng)制，區(qū)下設村，劃歸駝腰子區(qū)管轄。

1950年7月改隸第六區(qū)。

1956年樺南縣并入樺川縣后，設石頭河子鄉(xiāng)。

1958年9月，改稱石頭河人民公社。

1964年復歸樺南縣管轄。

1984年3月，改設石頭河鎮(zhèn)。

1990年改稱石頭河子鎮(zhèn)，名稱沿用至今。