清代末年，屬東鄉(xiāng)。

1953年7月，建南屯鎮(zhèn)。

1958年，建光明公社。

1961年，析出，建南屯公社。

1984年，復(fù)為南屯鄉(xiāng)。

2013年12月，改置南屯鎮(zhèn)。

截至2011年末，南屯鎮(zhèn)轄南屯、杜村、宋家莊、大爐溝、小爐溝、亞家莊、馬圈、張家莊、黑山、胡家莊、金家莊、上溝、曹家莊、朱家莊、湖海15個(gè)村民委員會(huì)。

截至2020年6月，南屯鎮(zhèn)轄15個(gè)行政村，鎮(zhèn)人民政府駐南屯村。

2021年，將南屯鎮(zhèn)所轄的杜村1個(gè)村民委員會(huì)劃歸泉坊鎮(zhèn)管轄。