村境元代屬貴州等處蠻夷長(zhǎng)官司，明初屬貴竹長(zhǎng)官司，后屬新貴縣。

清代屬貴竹縣之北上里。

民國(guó)四年劃入修文縣南區(qū)（扎佐）三保；民國(guó)二十一年，隸屬三重鄉(xiāng)；民國(guó)二十四年，隸屬第四區(qū)真武聯(lián)保石板哨保；民國(guó)三十一年，撤銷區(qū)和聯(lián)保復(fù)置鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），隸屬扎佐鎮(zhèn)石板哨保。

解放后，隸屬扎佐區(qū)扎佐鎮(zhèn)；1949年解放后，屬修文縣扎佐區(qū)扎佐鎮(zhèn)。

1952年，屬修文縣第二區(qū)（扎佐）三元鄉(xiāng)。

1958年，大辦人民公社，村境建三元生產(chǎn)隊(duì)，屬扎佐公社三元管理區(qū)。

1961年，原管理區(qū)改為人民公社，生產(chǎn)隊(duì)改為生產(chǎn)大隊(duì)，生產(chǎn)小隊(duì)改為生產(chǎn)隊(duì)，隸屬扎佐區(qū)。

1962年，屬扎佐區(qū)扎佐公社。

1963年，復(fù)屬扎佐區(qū)三元公社。

1984年，政社分設(shè)，原公社改為鄉(xiāng)，生產(chǎn)大隊(duì)改為村民選舉產(chǎn)生的群眾性自治組織。

，生產(chǎn)隊(duì)改為村民小組。

1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)后，劃屬新建的扎佐鎮(zhèn)，下設(shè)5個(gè)村民組。

2013年修文縣村級(jí)區(qū)劃調(diào)整，維持三元村不變。

2020年依據(jù)黔府函〔2020〕63號(hào)文件，撤銷扎佐鎮(zhèn)，設(shè)立扎佐街道。

三元村歸屬扎佐街道管轄。