元代時期，三棵樹鎮(zhèn)境域?qū)俨ブ菪克尽?/p>

明、清時期，屬清平縣。

民國二年（1913年），置爐山縣第二區(qū)第三分區(qū)。

民國二十一年（1932年），置爐山縣第三區(qū)五丁鎮(zhèn)、鉛廠鎮(zhèn)、格致鄉(xiāng)和第四區(qū)平樂鎮(zhèn)、平江鄉(xiāng)、計高鄉(xiāng)、白蛇鄉(xiāng)。

民國二十五年（1936年），置開懷聯(lián)保和掛丁聯(lián)保。

民國三十年（1941年），推行新縣制，置悅平鄉(xiāng)和化鉛鄉(xiāng)。

1953年，置烏燒、平樂、平寨、格細、朗利、掛丁、洞下、鉛廠、板溪9鄉(xiāng)。

1956年，縮并為平樂、平寨、格細、掛丁、鉛廠、板溪6鄉(xiāng)。

1958年，成立勝利公社和悅平公社。

1961年，置掛丁、格沖、平樂3公社。

1984年5月，設掛丁鎮(zhèn)、格沖鄉(xiāng)、平樂鄉(xiāng)。

1992年1月，格沖鄉(xiāng)并入掛丁鎮(zhèn)，平樂鄉(xiāng)并入開懷鄉(xiāng)。

1995年7月，掛丁鎮(zhèn)、開懷鄉(xiāng)合并為三棵樹鎮(zhèn)。

2010年8月5日，三棵樹鎮(zhèn)中的棉席、塘寨、黨果、開懷、悅來堡、蒿支坪、龍井、寨瓦、養(yǎng)朵、掛丁10村析出置開懷街道，三棵樹鎮(zhèn)建制保留。