清朝時(shí)期，小董鎮(zhèn)境域?qū)贇J州。

民國(guó)十九年（1930年），設(shè)小董鎮(zhèn)及小董鄉(xiāng)，屬欽縣。

民國(guó)三十年（1941年)，合并為小董鎮(zhèn)。

1950年，改為小董鄉(xiāng)。

次年春，分設(shè)12個(gè)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）。

1957年10月，12個(gè)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）合并為小董鄉(xiāng)。

1958年秋，并入設(shè)小董公社。

1961年6月，分設(shè)小董、奇陵2個(gè)公社。

1963年春，2個(gè)公社合并為小董公社。

1984年9月，小董公社撤改為小董鎮(zhèn)。

1989年，小董鎮(zhèn)設(shè)16個(gè)村公所、1個(gè)居委會(huì)、37個(gè)村委會(huì)。