明洪武九年(1376年),南三鎮(zhèn)境域?qū)俑咧莞畢谴ǹh管轄,稱(chēng)南三都。
清光緒二十五年(1899年),南三都被劃為法國(guó)租界地。
1949年,湛江解放,南三都屬吳川縣濱海區(qū),改稱(chēng)南三鄉(xiāng)。
1958年,成立南三公社。
1961年,南三公社改為南三區(qū)。
1963年,撤銷(xiāo)南三區(qū),復(fù)名南三公社。
1983年,南三公社改稱(chēng)南三區(qū),屬湛江市郊區(qū)。
1984年,湛江市坡頭區(qū)正式成立,南三區(qū)劃歸坡頭區(qū)管轄。
1987年,南三區(qū)改為南三鎮(zhèn)。