深灣村原為古代漁、船民避風停泊的港灣，村民多姓朱，于元代遷來定居。據傳說，朱氏三世祖朱中陽遷居南沙深灣村約在元代至順年間（1330年左右），距今約有663年。1953年深灣村建政時屬新建鄉(xiāng)一部分；1958年與東井村合為東井大隊；1965年從東井析出，為深灣大隊；1984年1月至1986年12月為深灣鄉(xiāng)人民0；1987年建深灣村民委員會，1993年成立深灣管理區(qū)，同年成立廣州南沙經濟技術開發(fā)區(qū)深灣發(fā)展公司；2002年成立廣州南沙經濟技術開發(fā)區(qū)深灣村民委員會；2007年6月成立廣州市南沙區(qū)南沙街深灣村民委員會。

現有戶籍人口170戶，503人，外來人口600多人，數據統計截至2009年4月31日。