歷史上，先后隸屬于南海郡番禺縣地（秦）、南海郡博羅縣（漢）、寶安縣（東晉咸和六年至唐至德二年）、東莞縣（唐至德二年至宋開寶四年，宋開寶五年東莞縣并入增城縣，屬廣州中都府。

宋開寶六年復(fù)置東莞縣，屬廣州中都府至明萬歷元年），新安縣（明萬歷元年至清康熙五年）、東莞縣（清康熙五年至康熙八年、新安縣康熙八年至民國二年）、寶安縣（民國三年至中華人民共和國成立前）。

1949年10月至1951年屬惠陽縣第四區(qū)；1951年11月至1957年11月屬惠陽縣第七區(qū)；1957年12月至1958年3月屬惠陽縣大鵬鄉(xiāng)；1958年3月至1958年11月屬惠陽縣大鵬公社；1958年11月至1983年7月屬寶安縣大鵬公社；1983年7月至1986年10月屬寶安縣大鵬區(qū)；1986年10月至1987年8月屬寶安縣南澳鎮(zhèn)，故1987年8月至2004年8月為南澳鎮(zhèn)水頭沙村；2004年9月至今改為南澳街道水頭沙社區(qū)居委會，名稱沿用至今。