明正德（1506-1521）年間，先后有人到來捕撈定居，分聚4個村落（即媽宮、大村、圍仔、尾村），初名“南沙”，后改稱南山。

1949年，稱南山鄉(xiāng)，屬達濠鎮(zhèn)（鄉(xiāng)級）；1958年，撤銷南山鄉(xiāng)，設(shè)立南山公社，屬紅旗公社管轄；1959年，紅旗公社拆為達漁公社和達農(nóng)公社，公社以下設(shè)生產(chǎn)大隊，設(shè)立南山大隊，屬達濠漁業(yè)公社；1975年，南山大隊，歸汕頭市郊區(qū)達濠公社管轄；1980年，撤銷達濠公社，屬達濠鎮(zhèn)；1983年12月，設(shè)立馬滘街道和南山管理區(qū)，南山管理區(qū)屬馬滘街道；1987年3月，南山管理區(qū)改稱為南山村委會，屬馬滘街道；1999年6月，設(shè)立南山居委會，屬達濠區(qū)馬滘街道；2003年，屬濠江區(qū)馬滘街道，沿用至今。