清康熙二十四年，花縣建縣屬城南清潭村。

清代中葉，屬獅嶺巡檢司積余圖城西南四十五里清潭村，大窩㘵村和南陽莊。

民國初年，全縣廢縣改區(qū)，屬三區(qū)。

民國27年（1938年）花縣6個區(qū)并為兩個區(qū)，屬第一區(qū)廣潭鄉(xiāng)。

民國29年（1940年）花縣2個區(qū)分為3個區(qū)，屬獅龍區(qū)廣潭鄉(xiāng)。

民國31年花縣整編為3個行政區(qū)，屬第三行政區(qū)。

民國35年（1946年）花縣撤銷3個行政區(qū)，改為縣政府直轄24鄉(xiāng)，屬聯(lián)鄉(xiāng)鄉(xiāng)清潭村，大窩㘵村和南陽莊。

1949年10月全縣分東中西三個區(qū)，屬中區(qū)聯(lián)鄉(xiāng)鄉(xiāng)清潭村，大窩㘵村。

1950年4月全區(qū)分5個區(qū)，屬第三區(qū)聯(lián)鄉(xiāng)鄉(xiāng)清潭村，大窩㘵村和南陽莊。

1953年全區(qū)分為17個鄉(xiāng)，清潭村和大窩㘵村屬清㘵鄉(xiāng)，南陽莊屬蓮南鄉(xiāng)。

1956年由12個自然村組成為東分、西分、大窩三個高級合作社，1958年轉(zhuǎn)為三個大隊，1963年清潭村、大窩㘵村、南陽莊合并為一個大隊，即清㘵大隊，1983年為鄉(xiāng)。

1987年1月，新華區(qū)公所依據(jù)花府復(fù)[1987]9號文件成立清㘵村委會，隸屬新華區(qū)公所。

1987年3月，新華鎮(zhèn)人民政府依據(jù)花府復(fù)[1987]12號文件成立清㘵村委會，隸屬新華鎮(zhèn)人民政府。

2013年12月，依據(jù)粵民區(qū)[2013]18號文件，清㘵村歸由新雅街道管轄。