明清時，屬景順鄉(xiāng)小峒都小洞村。

民國時期，屬二區(qū)小洞鄉(xiāng)。

1951年12月設(shè)小洞鄉(xiāng)，屬高明縣二區(qū)；1952年5月，改屬高明高鶴縣十一區(qū)；1954年6月，改屬高明縣二區(qū)。

1958年設(shè)小洞大隊，屬高鶴縣合水公社。

1983年稱小洞鄉(xiāng)，屬高明縣合水區(qū)。

1987年設(shè)小洞村委會，1989年改稱小洞管理區(qū)，屬高明縣合水鎮(zhèn)。

1999年設(shè)立小洞村委會，屬高明市合水鎮(zhèn)。

2005年高明區(qū)部分鎮(zhèn)（街道）行政區(qū)劃調(diào)整，改屬高明區(qū)更合鎮(zhèn)。