元代時期，祁連鎮(zhèn)境域為西涼府所轄。

明正統(tǒng)三年（1438年），為古浪守御千戶所轄。

清代時期，由涼州衛(wèi)管轄。

清雍正時期，屬武威縣。

1950年5月，為天祝自治區(qū)第五分鄉(xiāng)。

1956年12月，武威縣南山鄉(xiāng)并入。

1958年12月，設(shè)祁連公社。

1959年2月，劃給肅南縣；同年8月，又劃歸天�？h。

1971年12月，劃入武威縣。

1981年12月，又劃歸天�？h。

1983年5月，撤銷公社，設(shè)天山、錄述鄉(xiāng)，屬祁連區(qū)。

1985年10月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，為祁連鄉(xiāng)。

2018年3月，祁連鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。