西漢至十六國“五涼”時期，清源鎮(zhèn)境域?qū)傥渫す藐翱h。
北魏至隋初，屬武威郡林中縣。
唐宋年間，復(fù)歸姑臧縣。
元時，屬永昌路西涼州。
明清時期，先后歸涼州衛(wèi)和武威縣。
民國元年（1912年）后，分屬武威縣白塔、大河鄉(xiāng)。
1949年9月，屬白塔、大河區(qū)。
1952年7月，屬第十四區(qū)（清源）。
1956年1月，為清源鄉(xiāng)。
1958年10月，由清源、清水、長城鄉(xiāng)合并成立清源公社。
1962年，分設(shè)為清源、清水、長城公社。
1983年7月，為清源鄉(xiāng)，同時設(shè)立新地鄉(xiāng)。
1986年1月，清源、新地鄉(xiāng)合并設(shè)立清源鎮(zhèn)。