建縣前屬政和縣政和里十八都。

明景泰六年（1455年）建縣后至清代分屬壽寧縣坊隅一、二、三圖。

1934年設青竹嶺聯(lián)保處，駐地外韋村。

1937年撤消聯(lián)保處設青竹嶺鄉(xiāng)，鄉(xiāng)公所駐地南門坑底村，轄12個保。

1941年6月青竹嶺鄉(xiāng)改由縣直轄。

1946年撤鄉(xiāng)屬鰲陽鎮(zhèn)。

1949年7月壽寧縣人民政府成立，8月分別屬第一區(qū)（鰲陽）、第二區(qū)（斜灘）。

1958年6月歸縣直轄，9月設登峰公社，駐地岱陽村。

1959年3月撤銷登峰公社。

1961年5月設4個小公社，屬鰲陽區(qū)。

1965年7月設岱陽公社，轄10個大隊。

1981年7月改稱清源公社。

1984年社改鄉(xiāng)設清源鄉(xiāng)，轄14個行政村。

1990年增設余山崗、龜洋村，清源鄉(xiāng)共轄16個行政村。

2017年9月19日，經(jīng)福建省人民政府（閩政文【2017】318號）批復。

同意壽寧縣撤銷清源鄉(xiāng)，設立清源鎮(zhèn)。