唐大歷元年（766），設立巖寺鎮(zhèn)。

南宋紹興二年（1132），詔命更名巖鎮(zhèn)（屬歙縣）。

1932年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，復名巖寺鎮(zhèn)。

1949年后新設巖寺鎮(zhèn)。

1958年屬巖寺人民公社。

1965年5月，鎮(zhèn)、社分開單獨成立巖寺鎮(zhèn)，為(歙縣)直屬鎮(zhèn)，由巖寺區(qū)代管。

1983年，撤銷巖寺公社，恢復巖寺鄉(xiāng)，與巖寺鎮(zhèn)合署辦公。

1985年7月，撤銷巖寺鄉(xiāng)建制，并入巖寺鎮(zhèn)。

1988年3月成立徽州市轄區(qū)。

1992年2月，撤銷羅田鄉(xiāng)建制，所轄村并入巖寺鎮(zhèn)。

2004年8月，歙縣鄭村鎮(zhèn)上朱村劃歸巖寺鎮(zhèn)，沿用至今。

2015年8月，長源村、仙和村劃歸屯溪區(qū)新潭鎮(zhèn)。